Die industriepolitische, regionalpolitische und arbeitsmarktpolitische Bedeutung der GreenTech-Branche ist überaus weitreichend. Damit die ThEGA bei der Erschließung der Potenziale in diesem Sektor zielgerichtet und wirkungsvoll agieren kann, wird sie von einem Beirat unterstützt. In diesem sind hochrangige Vertreter aus Thüringer Unternehmen und Institutionen eingebunden, die über ein hohes Maß an Kompetenz auf den Fachgebieten der ThEGA verfügen. Das Know-how der Beiratsmitglieder stattet die Agentur mit einer differenzierten unternehmerischen, kommunal- und regionalpolitischen sowie fachlich-wissenschaftlichen Wissensbasis aus. Zur Umsetzung der Konzeption wurde zudem ein Steuerungskreis eingesetzt, der die Agentur bei ihrer Ausrichtung und ihrer Aktivitätenplanung beratend und empfehlend begleitet.

Mit dieser Struktur ist es möglich, die entscheidenden Kompetenzträger in Thüringen in die Arbeit der ThEGA einzubinden. Sie stoßen Aktivitäten an und sind an der Umsetzung von Maßnahmen oder an der Erarbeitung von Konzepten aktiv beteiligt. Damit ist eine praxisnahe und innovationsorientierte Ausrichtung der Agentur in hohem Maße gewährleistet.

Die Geschäftsstelle der ThEGA hat eine schlanke Organisationsstruktur. Die Fachbereiche sind direkt dem Leiter zugeordnet. Der Leiter der ThEGA verantwortet die strategische Ausrichtung und legt die Arbeitsschwerpunkte zusammen mit dem TMWAT fest. Er koordiniert die Arbeiten der Fachbereiche, führt diese inhaltlich zusammen, vertritt die ThEGA nach außen und kontrolliert die Einhaltung des Budgetrahmens. Die Projektleiter sind für alle Tätigkeiten innerhalb ihrer Fachbereiche verantwortlich. Sie konzipieren, koordinieren und verwalten die einzelnen Projektarbeiten.

Organisatorisch ist die ThEGA in die Landesentwicklungsgesellschaft Thüringen eingebunden.